La iglesia de Santa María de Comares se levantó en la década de 1530 sobre el solar de la anterior mezquita, siguiendo el modelo de Santa María la Mayor de Vélez. Es por tanto el segundo templo cristiano construido en la Axarquía. Primero se levantó la capilla Mayor y años después las tres naves con arcos góticos de ladrillo y bellísimos artesonados de madera de estilo mudéjar. Se conservó la orientación de la mezquita, si bien se cambió el sentido del culto.