Zwischen 1990 und 1995 wurden die archäologischen Ausgrabungen von der Junta de Andalucía durchgeführt. Im Jahr 1996 wurde die Forschung im Europäischen Zentrum für prähistorische Forschung in Tautavel (Frankreich) zentralisiert. Aufgrund seiner Komplexität erforderte dieses Projekt die Mitwirkung zahlreicher nationaler und internationaler Einrichtungen. Die Höhle von Zafarraya ist klein und nicht sehr komfortabel. Ihr Eingang befindet sich im Süden, und einige Meter von der Höhle entfernt gibt es Aufschlüsse aus Feuerstein, die einst von den Neandertalern genutzt wurden. Die in der Höhle gefundenen menschlichen Überreste des Neandertalers sind zahlreich, wenn auch meist nur bruchstückhaft. Unter den fossilen Neandertaler-Knochen aus der Zafarraya-Höhle sind die aus dem Inneren der Feuerstelle geborgenen Knochen hervorzuheben, die aus zwei Oberschenkelknochen, einem Schienbein und einem Unterkiefer bestehen.