Die Pfarrkirche Nuestra Señora de la Encarnación stammt aus dem Jahr 1505. Hervorzuheben ist die Mudéjar-Kassettendecke des Presbyteriums und des Mittelschiffs. Die 1721 errichtete Sagrario-Kapelle besitzt eine sehenswerte Rokoko-Kuppel. Der Turm, der nach dem Bau der Kirche errichtet wurde, obwohl er ebenfalls aus dem 16. Jahrhundert stammt, ist im Mudéjar-Stil gehalten.
Die Kirche von Comares ist das herausragendste Bauwerk der Stadtgeschichte. Nach der Eroberung der Stadt war sie Teil des sogenannten "Vikariats von Málaga".
Im Laufe der Jahre wurde die Kirche von Comares wurde mehrfach repariert und erweitert, insbesondere Ende des 17. und im 18. Jahrhundert, Die Sakristei wurde 1721 vergrößert, als die Sagrario-Kapelle gebaut wurde.
Das Hauptportal der Kirche ist nach Süden ausgerichtet. Hinter dem Altarraum befindet sich ein Hof, der früher als Friedhof genutzt wurde. Die Kirche ist dreischiffig, hat sieben Spitzbögen mit archivolten Fasen und vier Säulen mit einem erhöhten First und einem gewöhnlichen nasridischen Bodenbelag. Das Dach ist von großem Wert. Es besteht aus einem sehr gut erhaltenen Trog mit reichen geometrischen Laubsägearbeiten und einem zentralen Schlaufenmotiv mit Muqarnas. Es hat fünf paarweise angeordnete Streben, deren Enden in das Mauerwerk eingelassen sind, und Kragsteine im Stil der Renaissance. Den Unterlagen zufolge stammt dieses Kunsthandwerk aus dem 16. Jahrhundert, und das Holz wurde aus Cartagena gebracht.
Die Hauptkapelle ist quadratisch und hat ein Walmdach mit Viertelkreisen und einem Fialenaufsatz. Die Balken der Seitenschiffe ruhen auf hölzernen Kragsteinen. Sowohl das Mittelschiff als auch der Altarraum sind im Mudéjar-Stil gehalten. Das Hauptaltarbild war einst von großem Wert, wurde jedoch 1931 zerstört. Es wurde 1948 vollständig wiederaufgebaut. Die Seitenkapelle des Tabernakels besteht aus einer einzigen kugelförmigen Kuppel, die mit Ornamenten überladen ist. Äußerlich bildet sie einen achteckigen Turm. Es wird vermutet, dass die Kapelle und der Tabernakelturm von einem Seemann aufgrund eines Versprechens gebaut wurden, das er gab, als er in Gefahr war, Schiffbruch zu erleiden.