La Cueva del Boquete de Zafarraya se localiza en la vertiente sur de la sierra de Alhama, en el término municipal de Alcaucín. Su boca se sitúa al suroeste de la impresionante garganta labrada por un antiguo cauce fluvial y del conocido como “Boquete de Zafarraya”, elemento natural que preside el paisaje de la Alta Axarquía.
Aunque la cavidad era conocida por los grupos espeleológicos malacitanos desde la década de los años 70 del siglo XX, no será hasta 1981 cuando se inicien en su interior las primeras excavaciones arqueológicas, que se prolongarán hasta 1983.
Posteriormente, entre 1990 y 1994, continuarán los trabajos en la cavidad a cargo de un equipo de investigación internacional. Pese a no ser un cavernamiento de grandes dimensiones, alberga un yacimiento con una secuencia conservada muy amplia que comienza en el Paleolítico medio y se cierra en el Neolítico, aunque también hay evidencias materiales de un cierto uso o frecuentación durante la Edad Media.
Es uno de los yacimientos más relevantes para el estudio del Pleistoceno superior europeo.