Entre los años 1990 y 1995 se realizaron catas arqueológicas a cargo de la Junta de Andalucía. En 1996, se centralizaron las investigaciones en el Centro Europeo de Investigaciones Prehistóricas de Tautavel (Francia). Por su complejidad, este proyecto ha necesitado de la intervención de numerosas entidades tanto nacionales como internacionales. La cueva de Zafarraya es de pequeñas dimensiones y poco confortable. Su entrada se sitúa al Sur y a escasos metros de la cueva existen afloramientos de sílex, que, en su época, fueron utilizados por los Neandertales. Los restos humanos neandertalenses localizados en la cueva son numerosos, aunque en gran parte se encuentran fragmentados. Entre los huesos fósiles de Neandertales de la cueva de Zafarraya, hay que destacar los exhumados del interior del hogar, compuestos por dos fémures, una tibia, y una mandíbula.
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