L'église d'origine, de style gothique mudéjar, a été construite en 1487 sur le site d'une ancienne mosquée médiévale. Au début du XVIe siècle, elle a été remodelée et son impressionnant clocher a été construit à cette époque.
L'église comporte trois nefs de six travées, la nef centrale étant la plus haute et la plus large, séparées par des arcs en plein cintre, qui reposent sur des piliers sur les façades desquels se trouvent des pilastres avec des niches.
Les importantes modifications qu'elle a subies au milieu du XIXe siècle ont permis de transformer son intérieur et ses façades en une église néoclassique. Ces travaux ont été encouragés par l'avocat de Velez Federico Vahey, ministre de la Grâce et de la Justice d'Isabelle II, qui a ordonné la construction de la chapelle funéraire consacrée à la dédicace de San Federico, aujourd'hui connue sous le nom de chapelle du Cristo de los Vigías.
La guerre civile a privé ce temple d'importantes sculptures baroques. De nos jours, les images sont vénérées lors des processions de la Semaine Sainte, la plus importante étant Notre-Dame des Douleurs, une sculpture datant de 1750.
Sur l'autel principal se trouve un grand mur, d'excellente qualité, peint par le peintre de Velez Francisco Hernández, représentant Jésus triomphant et ressuscité, entouré des quatre évangélistes.