Cette église a été fondée en 1505, à la demande de la reine Isabelle, sous le patronage de Notre-Dame du Rosaire, par ordre de l'archevêque de Séville et métropolite de Malaga de l'époque, le frère dominicain Fray Diego de Deza (d'où le nom possible de l'église, étant le saint patron de cet ordre), conformément à une bulle du pape Innocent VIII et confirmée plus tard, en 1510, par le pape Jules II.