L'église paroissiale de Nuestra Señora de la Encarnación date de 1505. Le plafond à caissons mudéjar du presbytère et de la nef centrale est remarquable. La chapelle Sagrario, construite en 1721, possède une coupole rococo d'une certaine valeur. La tour, postérieure à la construction de l'église, bien qu'elle date également du XVIe siècle, est de style mudéjar.
L'église de Comares est le monument le plus remarquable de son histoire. Dès que la ville a été conquise, elle a fait partie de ce que l'on appelle le "vicariat de Malaga".
Au fil des ans, l'église de Comares a subi un certain nombre de réparations et d'extensions, surtout à la fin du XVIIe siècle et au cours du XVIIIe siècle, La sacristie a été agrandie en 1721, lors de la construction de la chapelle Sagrario.
La porte principale de l'église est orientée vers le sud. Derrière le chœur se trouve une cour qui servait autrefois de cimetière. L'église a trois nefs, sept arcs brisés avec un chanfrein d'archivolte et quatre piliers avec un faîte surélevé et un sol nasride ordinaire. Le toit est d'une grande valeur. Elle se compose d'une cuvette très bien conservée avec un riche frettage géométrique et un motif central en forme de boucle avec des muqarnas. Elle comporte cinq contrefiches jumelées, dont les extrémités sont encastrées dans la maçonnerie, et des corbeaux de style Renaissance. D'après la documentation, cet ouvrage a été réalisé au XVIe siècle et le bois a été apporté de Carthagène.
La chapelle principale est carrée, avec un toit en croupe à quatre pans et un pinacle. Les poutres des nefs latérales reposent sur des corbeaux en bois. La nef centrale et le chœur sont de style mudéjar. Le retable principal était autrefois d'une grande valeur, mais il a été détruit en 1931. Il a été entièrement reconstruit en 1948. La chapelle latérale du tabernacle est constituée d'une seule coupole sphérique, surchargée d'ornements. À l'extérieur, elle forme une tour octogonale. On pense que la chapelle et la tour du tabernacle ont été construites par un marin, suite à une promesse qu'il avait faite alors qu'il risquait de faire naufrage.