L'église paroissiale Notre-Dame-de-l'Incarnation date de l'année 1505. On notera notamment le plafond à caissons de style mudéjar du chœur et de la nef centrale. La chapelle du Saint-Sacrement, construite en 1721, présente une coupole rococo d'un certain intérêt. La tour, postérieure à la construction de l'église, bien qu'elle date également du XVIe siècle, s'inscrit dans le style mudéjar.
L'église de Comares est le monument le plus remarquable de son histoire. Dès que la ville a été conquise, elle a fait partie de ce que l'on appelle le "vicariat de Malaga".
Au fil des ans, l'église de Comares a subi un certain nombre de réparations et d'extensions, surtout à la fin du XVIIe siècle et au cours du XVIIIe siècle, La sacristie a été agrandie en 1721, lors de la construction de la chapelle Sagrario.
La façade principale de l'église est orientée vers le sud. Derrière le chœur se trouve une cour qui servait autrefois de cimetière. L'église se compose de trois nefs, de sept arcs en ogive à chanfrein d'archivolte et de quatre piliers en saillie, ainsi que d'un sol de style nasride ordinaire. La toiture est remarquable. Il se compose d'un bac très bien conservé, orné de riches frises géométriques et d'un motif central en nœud avec un mocarabe. Il comporte cinq poutres jumelées, dont les extrémités sont encastrées dans la maçonnerie, ainsi que des consoles de style Renaissance. D'après les documents, cet ouvrage a été réalisé au XVIe siècle et le bois a été acheminé depuis Carthagène.
La chapelle principale est de forme carrée, avec une toiture à quatre versants, dotée de quadrants et d’une flèche. Les poutres des nefs latérales reposent sur des corbeaux en bois. Tant l’entablement de la nef centrale que celui du presbytère sont de style mudéjar. Le retable principal, qui fut autrefois d’une grande valeur, fut détruit en 1931. Il fut entièrement reconstruit en 1948. La chapelle latérale du Saint-Sacrement est surmontée d’une seule coupole sphérique, richement décorée. À l’extérieur, elle forme une tour octogonale. On pense que la chapelle et la tour du Sagrario ont été construites par un marin, en raison d'une promesse qu'il avait faite alors qu'il risquait de faire naufrage.