L'église de Santa María de Comares a été construite dans les années 1530 sur le site de l'ancienne mosquée, sur le modèle de Santa María la Mayor de Vélez. Il s'agit donc du deuxième temple chrétien construit à La Axarquía. La chapelle principale a d'abord été construite, puis, quelques années plus tard, les trois nefs avec des arcs gothiques en brique et de beaux plafonds à caissons en bois de style mudéjar. L'orientation de la mosquée a été conservée, bien que la direction du culte ait été modifiée.