Alfarnate cuenta con varios yacimientos arqueológicos en los lugares que ocuparon sus primeros pobladores. En las terrazas de los arroyos Palancar y Morales se localizaron restos musterienses y en el Puerto de los Alazores se hallaron los vestigios de un taller neolítico, mientras que en el Cerro del Castillejo aparecieron fragmentos de cerámica árabe y muros.
